לאחר שדחה הר"ן את המזהים מעשה בראשית עם חכמות הטבע גרידא מחד [שהרי חז"ל הזהירו אזהרות גדולות על העסק בו]
ואת השוללים כל קשר בין מעשה בראשית לחכמות הטבע מאידך [שהרי לשיטתם יוצא שהוא מזוהה עם מעשה מרכבה]
כתב הוא את שיטתו:
והתשובה בזה, כי אין ספק כי מעשה בראשית היא חכמת הטבע, אבל לא מאותו צד שהתחכמו בו האנשים מצד מחקרם, אבל מצד מה שהידיעה נעלמת בו מצד המחקר, ולא תודע אלא בשפע אלהי. והוא שיש לכל הנמצאים שני פעלים, פעל נמשך אחר חומרם, ופעל נמשך מצד צורתם אשר הוא עצמותם. והפעלים הנמשכים מצד חומרם, יודעו מצד החקירה ומצד השגת מקריהם, אבל אשר מצד צורתם, אי אפשר שיודעו בשום פנים מצד החקירה, אלא מצד מה שהוציאו הנסיון לאור. וגם כי נדע פעליהם מצד הנסיון, לא נדע פעליהם כלל. כי אנחנו נדע בפלפל שהוא מחמם, ונדע סיבת החימום להיות היסוד האשיי גובר עליו, מפני שזה נמשך אחר חומרו. אבל עם היות שנדע שהאדם צוחק, ושנדע שהאבן השואבת מושכת הברזל, נדע זה מצד שהוציאו הנסיון, אבל לא נדע סיבתו, מפני שהם נמשכים אחר הצורה, כי השער הזה סגור לכל דורש החכמה, במחקר אנושי לבד לא יפתח. ואין ספק כי הפעלים המתחייבים מצד חומר הדבר, בערך אל המתחייבים מצד עצם הדבר כמר מדלי, כי אלו יוצאים מאמיתת הדבר ועצמותו ואלו נמשכים ממקריו שהם יוצאים מאמיתתו, ואלו הפעלים היוצאים מצד הצורה הם נתלים מצד נותני הצורה או נותן [אחר] איזה שיהיה, וזה העיון נמנע שיושג מצד חכמת האנשים, אבל יודע בה שההשגה בזה הוא מכת הנמנע.
ואודה מאד מאד למי שיבאר לי את דבריו