מלבד השאלה המרכזית האם שבת הותרה אצל פיקו"נ או דחויה אצל פיקו"נ, ישנה עוד מחלוקת יסודית אך
פחות מוכרת, והיא האם חסרון הנבילה מן השחוטה הוא רק שמא יקוץ בה כהרא"ש או שמא יש בה משום טמטום הלב וטומאת האיברים אע"פ שאינו אוכל באיסור - איסור בעצם, כדברי האור זרוע (ח"ב קח הלכות יולדת):
ועוד דלהני דהכא תמיהני אם האכלת איסור קודם לענין פקוח נפש מאיסור שבת אף על פי שזה איסור לאו וזה איסור סקילה. דאע"ג דלענין חולה שנינו שמאכילים אותו הקל וטבל ונבילה מאכילין אותו נבילה היינו ודאי כשבא לאכול איסור הקל מאכילים אותו. אבל כשיכול לאכול היתר יכול להיות שמוטב שיחללו השבת כיון שניתן לידחות מפני פקוח נפש ויאכילוהו היתר משיאכילוהו איסור אף על פי שהוא איסור לאו כיון שתקנה מגונה היא והא אין הקדוש ברוך הוא מביא תקלה על ידי צדיקים באכילת איסור ומביא תקלה על ידו באיסור סקילה כדאשכחן ברבי ישמעאל שקרא והטה וביהודה בן טבאי שהרג עד זומם ואמרי' בירושלמי ר' זעירא הוה מחייט גבי עכו"ם א"ל ואי בעית מיקטל קטול דנבילה לא בעינא מיכלא הרי שאכילה אסורה חמורה להם ביותר וראוי למסור להם בעצמו על כך אם לא תאמר שבשעת השמד היה
הנה חזינן כאן ובמקומות נוספים באו"ז דסובר ששבת לא הותרה אלא ניתנה להדחות, ואעפ"כ פוסק להעדיף את השחיטה ע"פ מאכלות האסורים ולא מפני חשש פיקו"נ דשמא יקוץ בהן אלא משום שאיסור מאכלות אסורות גרוע ונסמך כמעט לפיקו"נ ומסי"נ מהמעשה דירושלמי. וכן משמע מסוגיות הראשונים במינקת נכרית, דכתבו הריטב"א והרשב"א שהאיסור הוא רק משום שאוכלת שקצים ומטמטם לבו של התינוק. והרמ"א כתב שמזיק לו אף בזקנותו. וכן כתבו כמה אחרונים. וכל זה לא כדברי המשנ"ב שלא פשר סוגיה זו.
והרב פעלים (סוד ישרים ח"ד ס"ו) כתב ע"פ דרך הסוד שאין עצמות האיסור מטמא את האיברים באונס או בפיקו"נ אלא רק כשנעשה בעבירה, דמה שמטמטם את הלב הן הקליפות הנכנסות כשהן דבוקות באיסורי האכילה, וכשאינו אוכל באיסור, לא נותנים לקליפות להדבק במאכל וליכנס לגופו.
והאמת תורה דרכה.