בברכה זו יש תימה גדולה, מהו הענין אותו משבחים ביצירת האדם שנוצר בכזו חכמה מיוחדת, הלא את אותם הדברים אפשר לומר גם על בעלי החיים, ולמשל אם היינו אומרים "אשר יצר את הפרה בחכמה" גם היו הדברים נכונים, כיוון שגם היא עשויה חלולים חלולים וגם בה יש נקבים שאם יפתחו או יסתמו וכו' וגם היא מוציאה פסולת וצריך לשבח על זה רופא כל בשר וגם בה יש קשר כלשהו בין החלק הגשמי לכח החיות שאינו מובן איך הם קשורים וזה 'מפליא לעשות'.
א"כ מהי יצירת האדם שנעשתה כ"כ בחכמה מיוחדת?
שנים זה היה קשה לי ולא מצאתי מי שעמד בזה עד שמצאתי בספרו של הרב פינקוס זצ"ל 'תפארת תורה' שבמאמר על יצחק אבינו כותב בדרך אגב שהביאור בברכה הוא לא שהקב"ה בחכמה יצר את האדם אלא מה שהוא יצר את האדם ונתן בו כח חכמה. שזה יצירה מיוחדת ונפלאה.
אני מבין את הדבר במה שאמרו 'אם אין דעת הבדלה מנין', וע"כ באדם שנברא בדעת וחכמה שניתנה בו, בכוחו לברר כל הניצוצות קדושה וכו' ובמיוחד בעניני האכילה שכולה בירור, ולכן מבואר מה שתיקנו ברכה זו על האכילה, הרי אין סיבה להודות על יצירת האדם וגופו אחר ביה"כ יותר מאשר אחרי אכילה למשל, אבל אם ענין ברכה זו היא בירור שהאדם עושה- מיושב שפיר.
אחרי רואי בינותי שכבר בשל"ה באות ק' ערך קדושה כתב כן. וז"ל "והנה החטא של הוצאת זרע לבטלה, הפגם הוא למעלה בחכמה שהוא המוח, שהוא מקום הזרע, ועל זה אנו אומרים 'אשר יצר את האדם בחכמה', בנין שיעור קומה שלו ממקור הזה".