איתן כתב:גם נגד צדוקים יוסף בן מתתיהו לא כותב בחריפות, ואף טוען שלמד אצלם. הנה קטע מ"חיי יוסף" פ"ב משפטים 10-12 (עמ’ 65-66 במהד’ ד. שוורץ):
בהיותי כבן שש-עשרה רציתי לרכוש נסיון אצל האסכולות שיש אצלנו; כפי שאמרתי תדיר, יש שלוש: הראשונה היא הפרושים, השנייה היא הצדוקים, והשלישית היא האיסיים. חשבתי שכך אבחר בטובה ביותר, אם אלמד את שלושתן לעומק. בהכבידי על עצמי ומתוך סבל רב עברתי אצל השלוש, אך מכיוון שלא חשבתי שהניסיון שנבע מזה הספיק לי, כאשר שמעתי על אדם בשם בנוס השוהה במדבר, המסתפק בבגדים (העשויים מחומרים הלקוחים) מעצים, המגיש לעצמו רק אוכל הצומח מאליו והטובל דרך קבע יום ולילה במים קרים כדי להיטהר, נהייתי לחסיד שלו. אחרי ששהיתי אצלו שלוש שנים ומיציתי את ההתלהבות, חזרתי לעיר. בהיותי בן תשע-עשרה התחלתי לנהוג כאזרח בהידבקי באסכולה של הפרושים, הדומה מאוד לזו המכונה "הסטואית" אצל היוונים.
אז מישהו עכשיו יבוא ויטעון שמדברי יוספוס רואים שצדוקים ופרושים קרובים אלו לאלו ומתייחסים זהלזה באהדה? שהרי יוספוס למד אצל שניהם, ואף אצל האיסיים? חז"ל לא התייחסו לאיסיים מסיבה מאד פשוטה – הם היו מיעוט מתבודד עם השפעה מועטת. לא כן הצדוקים שפעמים ששלטו בסנהדרין ובבית מקדש, וכוחם היה רב בין הכהנים. איתם היה צריך להתפלמס תדיר!
נ.ב. לא פשוט שבנוס היה איסי.
הוא כותב נגדם. אם כי אין לו עניין להאריך בזה כמובן משום כיון. אבל את האיסיים הוא משבח הרבה יותר מאשר את הפרושים.
ואעתיק את לשונו המתורגמת. (בספרו תולדות מלחמות היהודים ספר שני פרק ח)
: "כי שלושה מיני חכמי הדת נמצאו בקרב היהודים, על האחד נמנים הפרושים, ועל השני - הצדוקים, ועל השלישי - אלה הנקובים בשם איסיים, והם נוהגים חסידות".
"האיסיים הם יהודים מלידה, אולם הם עולים על יתר היהודים באהבתם איש את רעהו. הם מתנזרים מתענוגי הבשר, בראותם בהם רעה, ולמעלה טובה נחשב בעיניהם למשול ברוחם ולכבוש את יצרם. גם חיי הנישואים נמאסים בעיניהם, אולם הם אוספים אליהם בני אנשים זרים בעודם רכים בשנים ונוחים לשמוע בלימודים, ומקרבים אותם באהבת אבות, וחורתים על לוח ליבם את חוקיהם. אמנם אין הם רוצים בזה להעביר את נישואי האשה ואת נחלת האלקים הקשורה בהם, אולם הם גודרים עליהם מפריצות..."
"הם מואסים בחיי עושר, ונפלא הוא שיתוף הנכסים אצלם, עד כי לא נמצא בקרבם איש מופלג בנכסים, כי חוק הוא להם כי הנלווה אל חבורתם יפקיר את רכושו לכל החבורה, ולא נמצאה בהם לא חרפת העוני, ולא גאוות העושר, כי נכסי כל היחידים התערבו יחד ורכוש אחד לכולם, כאילו היו אחים מבטן".
"לא עיר אחת היא נחלת האיסיים, כי בכל עיר ועיר יושבים רבים מהם. ולאנשי חבורתם הבאים ממקום אחר הם מוציאים את כל רכושם לשלוט בו כאילו היה שלהם, ואלה האורחים מתהלכים כריעים וכמיודעים בבתי חבריהם, אשר לא ראו את פניהם עד היום ההוא, ועל כן אינם לוקחים איתם דבר בצאתם למסעיהם, מלבד כלי נשק כנגד השודדים...".
"בענוות הילוכם ובמראה גופם הם דומים לילדים אשר מורא רבם שרוי עליהם. אינם לובשים בגדים ולא סנדלים חדשים בטרם נקרעו הישנים או בלו מרוב הזמן, אינם קונים דבר איש מעמיתו, ואינם מוכרים דבר אחד לשני, וכל אחד נותן לחבירו את הדבר הדרוש לו לחפצו, ולוקח ממנו את הדבר אשר יש לו צורך בו".
מהמשך דבריו הנלהבים של יוסיפון על אותה כת, נציין את סדר היום הקפדני בו הם נוהגים, הכולל קימה לפני עלות השחר, וטבילה מספר פעמים במקוה טהרה, שתיקה בעת האכילה והתנזרות משתיית משקאות משכרים. ועוד שני ציונים בולטים ממעלותיהם של האיסיים:
האחת, מסירות נפשם בעת השמד: "המלחמה עם הרומאים חפשה את כח נשמתם, אשר לא שב מפני כל. כי כאשר נדוש בשרם בגלגל, ונמתחו כל אבריהם, כאשר נשרפו חיים או נשחקו עצמותיהם וכל כלי רצח עברו עליהם, ומעניהם נטלו עליהם לקלל את שם מחוקקם, או לטמא את בשרם בדבר אשר לא יֵאָכֵל, עמדו בנסיון ולא עשו אף אחת מאלה, גם לא התחננו אל מעניהם ולא שפכו דמעות לפניהם, רק נשאו את יסוריהם באור עיניים, ולעגו לאנשים אשר הקריבו אליהם את כלי המשחית, ובשמחה השלימו את נשמותיהם לאלוקים, כי הוא ישיבן להם לקץ הימין".
השניה, מדרגות רוח הקודש: "בקרבם נמצאים אנשים המתאמרים לדעת את העתידות מראש. כי מילדותם שקדו ללמוד את ספרי הקודש, וקנו להם דרכי קדושה שונים. וגם התבוננו בדברי הנביאים, וכמעט לא שגו מעולם בנבואותיהם לעתיד".
כת הפרושיםלאחר התיאור הארוך והנלהב אודות כת האיסיים, עובר יוסיפון לתאר את כת הפרושים, בתיאור צמחוני ודל, כמעט כלאחר יד: "הפרושים הם אנשים אשר יצא להם שם חכמים יודעים לבאר את החוקים באר היטב... הם אומרים כי הכל תלוי בגזירה ובאלוקים, ורק מעשה הצדק והפכו נמצא ברובו ביד האדם, אפס כי גם הגזירה מסייעת לו בכל דבר. והם אומרים כי כל הנשמות אינן כלות, אולם רק נשמות הטובים עוברות אל גוף שני, ונשמות הרשעים נידונות ליסורי עולם".
כת הצדוקיםוהוא משלים את דבריו בתיאור, מסתייג מאוד, על 'שיטת' הצדוקים: "הצדוקים, הם בני הכת השניה, כופרים בגזירה בכלל ואומרים כי האלוקים רחוק ממעשה הרע, ואינו משגיח אליו. והם אומרים כי ניתן לאדם לבחור בטוב או ברע, כל איש פונה אל אחד משני אלה על דעת עצמו. והם כופרים גם בנצח הנשמה, וגם בעונש ובכשר העתידים בשאול, והפרושים אוהבים איש את רעהו ודורשים שלום לכל העם, והצדוקים קשים גם לאחיהם, ומקבלים את פני חבריהם בכעם , כאילו היו נכריים להם".