כידוע בראדין פרצה מחלוקת כנגד הרב אליהו מרגליות בשנת תרכ"ד, ויש אפילו שתולים את עניינו של החפץ חיים בלשון הרע ומחלוקת במחלוקת זו.
בנו הרב אריה ליב מביא בתולדות אביו את הסיפור הבא:
מיהו אותו רב "גאון זקן מהמחוז" שאח"כ היה מהמסכמים על ספרו של אבא?
לספר חפץ חיים היו שלשה מסכימים פלוס בית הדין של ווילנא. הכי "מחוז" שבהם והכי זקן שבהם הוא לכאורה הרב מרדכי מלצר - מרדכי קלאצקי, הרב של לידא.
והנה בספרו של ישר מופיע סיפור אחר מהתקופה:
דהיינו ישר מביא סיפור הפוך עם הרב דלידא וכאן גם נוקט בשם של רב אחר של לידא הרב אליהו שיק. העניין הוא שבדיוק בשנת המחלוקת - תרכ"ד, הייתה החלפה ברבנות לידא והרב שיק יצא והרב מרדכי מלצר נכנס.
בן החפץ חיים מספר שהחפץ חיים הלך לדבר עם הרב של לידא וזה אמר לו לא להתערב ואילו ישר מספר שהרב של לידא בא אליו בתלונה למה הוא לא מתערב.
אז אמת נכון הדבר שיכול להיות ששניהם אמת וקודם צעק עליו הרב ישר למה לא להתערב וכמה חודשים אח"כ צעק עליו הרב החדש מלצר למה הוא כן מתערב, אבל האמת יורה דרכו שבאותו סיפור מדובר וישר פשוט החליף את הרבנים וכן את כל מהלך השיחה בין השניים..
לסיום הביא בן החפץ חיים את ההתייחסות הבאה של אביו למחלוקת:
ואכן הרב מרגליות התמנה אח"כ לרבה של לוקישוק (נפטר תוך שנים ספורות), עיר חריגה בליטא בהיותה רובה חסידית, ורובה לובאוויטש, ואכן בניו שימשו ברבנות וכתבו ספרים.