באוצר מצויים כמה פקסימיליות של כתבי-יד כמו: כ"י קאופמן של המשנה; כ"י מינכן של התלמוד; כ"י המבורג של התלמוד; פירושי הפיוטים מהמבורג של רות ועוד.
היה מן הראוי להשקיע יותר בפיתוחו של מדור זה (לא קיים אפילו קטגוריה מיוחדת לכ"י ב-"נושאים").
כהצעה ראשונה:
פקסימיליה של כ"י "מכלול רוטשילד".
פקסימיליה של כ"י "מכלול לונדון".
כתבי-יד אלו מתקופת הראשונים, דומים כל אחד לספריה יותר מאשר לספר, וערכם רב מאוד.
להלן קישורים אליהם בספה"ל:
רוטשילד: http://aleph.nli.org.il/F/SLSHHYM7LK5SA ... =007972812.
לונדון: http://aleph.nli.org.il/F/SLSHHYM7LK5SA ... =010691186.