ידוע דברי תוספות מעשה רב (ירושלים תרנ"ו) בדקדוק היה הגר"א נוטה אחר ר' אלי' בחור וקצת אחר רד"ק לבד בטעמים ובנגינות הלך אחר שערי זמרה של ר' זלמן הענעס מכלל הן אתה שומע לאו עכ"ל
אמנם כל המעי' בדקדוק אליהו ובדו"פ עה"ת הם יראו בעצמם שבמקומות רבים גם דברי הגר"א בנוגע לדקדוק תואמים את דברי רז"ה.
להלן רשימה קצרה של דוגמאות.
1. השוא נע שלפני אות ו"ו נוטה קריאתו לשורוק (דקדוק אליהו שער השוא אות ג )
2. לא תהיה ת"ק לפני אות גרונית שהיא בתנועה גדולה אביה (דו"פ עה"ת ד"ה ובהו וד"ה ויהי))
3. הכלל אתי מרחיק שניהם פירשו שהכוונה לב' אותיות בגדכפ"ת והראשונה בשוא היא דגושה בכל מקום (דקדוק אליהו שער הדגש)
4. וכללי השוא נע\נח אחר ת"ק ות"ג וחריגיו (דקדוק אליהו שער התנועות)
5. רפיון אות 'ת' בתיבות שכניתיה וגבורתיה (ובא לציון)
חכמי הפורום אנא הוסיפו.