הספר אגרת דרבן יוחנן בן זכאי נמצא באוצה"ח בארבע מהדורות.
א. הראשונה, מונקאטש תרנ"ה, נמצאת ברשימה תחת השם המוזר "האגרת", ורצוי לתת לה את השם המקורי "אגרת דרבן יוחנן בן זכאי", שתופיע יחד עם שאר המהדורות.
ב. השניה, ורשה תרצ"ב, נקראת סתם "אגרת דרבן יוחנן בן זכאי", ובאמת נוסף בה הפירוש קול יהודה.
ג. השלישית, ניו יורק תשכ"ח, נקרא "אגרת דרבן יוחנן בן זכאי <עם ב' פירושים>". באמת ב' הפירושים זהים למהדורה שבאות ב', ויש לרשום את שתיהן באותה צורה (עיקר התוספת בשלישית היא תולדות מחבר הפירוש קול יהודה).
ד. הרביעית, עם פירוש "באר יצחק", רשומה סתם "אגרת רבן יוחנן בן זכאי", ורצוי להוסיף <עם באר יצחק>.