שאילתות ע"פ העמק שאלה הופיע ע"י מוה"ק לפני שנים רבות במהדורה חדשה הכוללת אלפי הוספות מכת"י של הנצי"ב והן מסומנות באצבע.
פלא שאין כל הקדמה בראש ההוצאה החדשה. מלבד כמה מילים בסוף ח"ג.
ואולי בדפוס הראשון של מהדורת מוה"ק הופיעה הקדמה ונשמטה במהדורות הצילום (שבאוצר ושביד כל?)
ואפשר שיש קשר בין הסכסוך שהיה בין (מתי?) ר"מ בר אילן לבין מימון?
בכלל הספר מלא הוספות מהוספות שונות שקשה לעקוב אחריהם. כך למשל פר' אמור עמ' רלח יש סוגריים המתחילות בכוכבית ואח"כ פותח: והנה גם אני באתי להעיר בזה וכו' מה שהקשה מו"ח וכו'. הוספה זו מתפרשת על כמה וכמה עמודים. ומלבד תיבת מו"ח אין סימן שכ"ז מדברי חתנו התורת רפאל. אכן כל האריכות הזו באה כחטיבה בפנ"ע בשו"ת תורת רפאל סי' מ (והגרע"י זצ"ל בתשו' הכבירה ביב"ע ח"ד סי' כה, לא שת ליבו לזה והגיעו כפול דברי החתן וחותנו). בכמה מקומות זכור לי שדברי החתן באו בשמו המלא בתוך הספר.