איתא ביומא (ט, ב),
מקדש ראשון מפני מה חרב? מפני שלשה דברים שהיו בו, עבודה זרה, וגלוי עריות, ושפיכות דמים... אבל מקדש שני, שהיו עוסקין בתורה ובמצות וגמילות חסדים, מפני מה חרב? מפני שהיתה בו שנאת חנם. ללמדך ששקולה שנאת חנם כנגד שלש עבירות, עבודה זרה, גלוי עריות, ושפיכות דמים.
כתב הגאון הנצי"ב בספרו מרומי שדה, וז"ל,
ויש לדעת דבאמת היה שפיכות דמים לרוב בבית שני, כמו שכתוב ביוסיפון, ובמס' גיטין דף נ"ז ובעבו"ז דף ח' ב'. אלא שלא היה שפיכות דמים אלו במחשבת איסור, אלא רק במחשבת מצוה, והיינו שחשבו זה את זה לצדוקי ואפיקורס ומסור שעל פי דין מורידין אותם. ומה גרם לחשוב הכי, רק מסיבת השנאת חנם, ומשו"ה כשראה את חבירו עובר עבירה, לא שפט אותו שהוא עשה רק משום תאוה וכדומה, אלא משום שהוא אפיקורס ורשאי ומצוה להורגו, משא"כ במקדש ראשון היה השפיכות דמים פשוטו כמשמעו לעשות רציחה, ומשו"ה מסיים התנא רשעים היו אלא שתלו בטחונם בהקב"ה כו', וקאי על מקדש ראשון. ולכאורה מאי שייטא לדברים אלה כאן, אלא משום דמחלק בין מקדש ראשון למקדש שני בענין שפיכות דמים, דבמקדש שני לא נחשב לחטא אלא השנאת חנם שהביא לידי שפיכות דמים, ובמקדש ראשון חשיב שפיכות דמים משום שבכוונה עברו על איסור רציחה. ויהיה קשה הלא גם במקדש ראשון תלו בטחונם בהקב"ה, אלמא שכיוונו לשם שמים. וע"ז קאמר דלא כן הוא, אלא רשעים היו, והרגו זה את זה ברשעות, אלא שתלו בטחונם בהקב"ה.
ועוד המשיך וביאר עד"ז את דברי הגמ' בסמוך, רבי יוחנן ורבי אלעזר דאמרי תרווייהו, ראשונים שנתגלה עונם נתגלה קצם, אחרונים שלא נתגלה עונם לא נתגלה קצם, וז"ל,
נראה לפרש שידעו במה שחטאו מחמת רשעות, וע"כ כאשר הגיע עונשם שבו להקב"ה ונתגלה קצם, משא"כ בבית שני לא נתגלה עונם שלא ידעו מה חטאתם, שהרי באמת היו יראי ה' ועוסקין בתורה, אלא שלא כיוונו להאמת, משו"ה לא נתגלה קצם שהרי עדיין שנאת חנם גבר בארץ.
שיטתו זו של הנצי"ב בביאור ענין חורבן בית שני נתבארה גם בספר תשובותיו משיב דבר (ח"א סימן מד), בתשובתו הידועה אודות פירוד הקהילות, וז"ל בתו"ד,
והנה המעריך הורו והוגו עצה להיות נשמר מדור זה להפרד זה מזה לגמרי כמו שנפרד אברהם מלוט, במטותא מן המעריך עצה זו קשה כחרבות לגוף האומה וקיומה, הן בשעה שהיינו באה"ק וברשותנו כמעט בבית שני נעתם ארץ וחרב הבית וגלה ישראל בסבת מחלוקת הפרושים עם הצדוקים וגם הסב מחמת שנאת חנם הרבה ש"ד מה שאינו מן הדין היינו בשעה שראה פרוש שאחד מיקל באיזה דבר אף על גב שלא היה צדוקי כלל אלא עשה עבירה, מ"מ מחמת ש"ח היה שופטו לצדוקי שמורידין אותו, ומזה נתרבה ש"ד בהיתר ולשם מצוה בטעות וכבר רמז ע"ז בתורה (ס' במדבר סי' לו מקרא ל"ד) כמבואר בהע"ד והר"ד, וכ"ז אינו רחוק מן הדעת להגיע ח"ו בעת כזאת ג"כ אשר עפ"י ראות עיני א' ממחזיקי הדת ידמה שפלוני אינו מתנהג עפ"י דרכו בעבודת ה' וישפטנו למינות ויתרחק ממנו ויהיו רודפים זא"ז בהיתר בדמיון כוזב ח"ו, ושחת כל עם ה' חלילה זהו אפילו אם היינו בארצנו וברשותנו.
וראה עוד בהרחבה בדבריו בהעמק דבר בפתיחה לספר בראשית.