ואולם בדברי ספר אגודה שמעט סעודה ג' של שבת מדין פנים חדשות איני מודה לו כלל, אי משום דאיהי נמי טעונה פת ומקדשין בו דכלהו סעודות אתקוש בקרא להדדי, ועוד יש סוד עצום לחכמי האמת בפנים חדשות של שבת שייך בסעודה שלישית בשוה לשאר סעודות. ומיסדי התפלות שלנו קבעו במנחת שבת פסוק 'פני ילכו והניחותי לך' לרמוז העברת פנים של זעם [כוונתו ע"פ דברי הגמ' בברכות (ז, א), ואמר רבי יוחנן משום רבי יוסי מנין שאין מרצין לו לאדם בשעת כעסו דכתיב פני ילכו והנחתי לך. אמר לו הקדוש ברוך הוא למשה המתן לי עד שיעברו פנים של זעם ואניח לך] המתעוררים בחול, כי ינטו צללי ערב מפחד יצחק שתקן תפלת המנחה, ובסוד פנים חדשות המתחדשות ברחמים בשבת באותה שעה מנוחה וקדושה לעמו נתן.
המבואר מבין בתרי דבריו, כי אמנם ישנם נוסחאות קדומות לתפילת 'אתה אחד ושמך אחד' דאיתא, יעקב ובניו ינוחו בו, 'למשה עבדך בסיני אמרת לו, פני ילכו והנחתי לך, מנחת אהבה ונדבה וכו'. (כת"י אדלר מס' 2694, בסמינר לרבנים נ"י; מאמרו של פרופ' א. מרמורשטיין, ישורון כרך יב, מובא בספרו של יעקבסון על התפילה).
בספר שבולי הלקט (ענין שבת סימן קכו) נראה שג"כ היתה לפניו גירסא זו, ובתוך ביאורו על ברכה זו כתב בזה"ל,
ולמשה עבדך מסיני אמרת פני ילכו והניחותי לך. כתב אחי ר' בנימין נר"ו צא ולמד שבזכות שבת נתרצה הקדוש ברוך הוא על מעשה העגל שהרי בהלכות שבת היו עוסקין כדכתיב אך את שבתותי תשמורו ושמרו בני ישראל את השבת וכתיב בתריה ויתן אל משה ככלותו וירא העם כי בושש משה וכן בשעה שנתרצה להם וצוום על מעשה המשכן הזהירם על השבת תחילה כדכתיב ויקהל משה את כל עדת בני ישראל וגומר ששת ימים תעשה מלאכה ואחר כך צוום על מעשה המשכן, וזהו שאמר פני ילכו והניחותי לך בזכות שבת שהוא יום מנוחה.
וכן הביא בספר אליה רבה סי' רמב בשם תניא רבתי.
גירסא זו מצויה אף בסידור רס"ג עמ' קיג בנדפס, ובמחזור מנהג איטלייני.