"וַיֹּאמֶר יי אֶל מֹשֶׁה קַח אֶת כָּל רָאשֵׁי הָעָם וְהוֹקַע אוֹתָם לַיהוָה נֶגֶד הַשָּׁמֶשׁ וְיָשֹׁב חֲרוֹן אַף יי מִיִּשְׂרָאֵל".
וזה לשון אונקלוס בתרגומו לבמדבר כה ד: "וַאֲמַר יְיָ לְמשֶׁה דְבַר יַת כָּל רֵישֵׁי עַמָא, וְדוּן וּקְטוֹל דְחַיָב קְטוֹל קֳדָם יְיָ לָקֳבֵל שִׁמְשָׁא וִיתוּב תְּקוֹף רוּגְזָא דַיְיָ מִיִשְׂרָאֵל". ולשון רבינו בחיי: "קח את כל ראשי העם והוקע אותם - אין צווי זה להמית ראשי העם, אלא הנצמדים (בבעל פעור) במעמד הראשים (ראשי העם), וזהו שתרגם אונקלוס: ודון וקטול דחייב קטול, ולא תרגם וקטול יתהון".
ומאידך, בדברים ד ג כתיב "כִּי כָל הָאִישׁ אֲשֶׁר הָלַךְ אַחֲרֵי בַעַל פְּעוֹר הִשְׁמִידוֹ יי אֱלֹהֶיךָ מִקִּרְבֶּךָ", ומשמע שהחוטאים כולם מתו במגיפה.
אולי הכוונה שהקב"ה השמידם גם ע"י המגיפה וגם ע"י הציווי לבי"ד להרגם.
אשמח להוספות.