כל לומד בספר בית יוסף לומד עמו גם את הקטעים הנוספים מספר בדק הבית שהוסיף הב"י לאחר הדפסת ספרו, אמנם בעוד שדברי הב"י ברורים ונפלאים בכל סימן, בספר בדק הבית לפעמים כתובים דברים קשים או בסגנון שאינו תואם לזה של הב"י,
א. אציין דוגמא מפורסמת לגבי דין נ"ט בר נ"ט, בעוד שהב"י הביא מסמ"ק ועוד ראשונים לאסור עשיית נ"ט בר נ"ט לכתחילה, (דין שאינו מוכרח בגמ' אבל בהחלט מובן, וניתן גם לדייקו מלשון הגמ' 'דגים שעלו' לשון דיעבד), בספר בדק הבית מביא הב"י את רבינו ירוחם שכותב לאסור נ"ט בר נ"ט לכתחילה, והבדק הבית תמה עליו בחריפות, ובד"כ אין דרכו של הב"י לחלוק בסברא בעלמא על ראשונים, ובמיוחד שכבר הביא בב"י עוד ראשונים שסוברים כך (אמנם גם הב"י הביא סה"ת שחלק, אך סו"ס יש בזה מחל', ומה פשעו של רי"ו שכתב כרוב הראשונים).
ב. דוגמא נוספת בסימן קט מביא הב"י מחל' בין הרשב"א והרא"ש במב"מ שבטל חד בתרי האם מותר לאכול את כל התערובת, דעת הרא"ש שמותר ודעת הרשב"א שאסור, ומכריע השו"ע כרשב"א לאסור, בספר בדק הבית בסימן קי (וכבר העיר הכנה"ג שיש מקומות בספר בדה"ב שאינם במקומם) מביא את רבינו ירוחם שכותב כדברי הרא"ש ושכן כתבו התוס' ושכן עיקר (הלשון כן עיקר היא של רי"ו), ומדהביא דבריו ש"מ הכי סבירא ליה, שהרי לא הגיה כלום על דבריו, וא"כ לסוברים שבה"ב נכתב אחרי השו"ע נמצא שהשו"ע חזר בו ומותר, ולא מצאתי באף אחד מהאחרונים שהעיר בזה (כנה"ג הנ"ל, פרי תואר, כה"ח, אול"צ, ילקו"י), ובכלל רשה למה שהב"י יחזור בו בעקבות זה שרי"ו (אגב, תלמיד הטור) כתב כדברי הרא"ש. ישנם עוד דוגמאות נוספות שספר בה"ב חולק על ראשונים ואמנם יש מקומות שהב"י נוקט בדרך, זו אך לא בתדירות דומה.
בדקתי בהקדמות מכונות הטורים והתברר שספר בה"ב לא הודפס ע"י הב"י בעצמו אלא ע"י בנו, וחלק מן הכתבים אבדו לו, ומי יודע יתכן ובאותו קטע יש חלקים שאבדו, ובהמשך דבריו חזר בו, בסימן שז הביא הבה"ב מספר דרכ"מ וככל הנראה זו הוספה מאוחרת.
בספר עין יצחק של הגר"י יוסף הוא כותב שקבלנו הוראות בדק הבית. בהערות הוא מביא מדברי פוסקים שחיו במאה שנה האחרונות, המוקדם שבהם הוא השואל ונשאל, (דברי הגר"י ידיד שמובאים שם אינם מוכרחים כראיה, לפום ריהטא), ומאידך בספר משפט וצדקה ביעקב שחי לפני כ300 שנה כותב להדיא שלא קבלנו הוראות בדק הבית, וכן פוסקים נוספים.
אחר כל הנ"ל האם ניתן לסמוך על ספר בה"ב שיצא כל כולו מפי קדשו של הב"י, או שמא ידי ת"ח נוספים שלטו בו וכתבו את הערותיהם, (בד"כ הוספות מרי"ו), וכן קטעים שאבדו.