באמונתו כתב:וז"ל ר' צדוק הכהן מלובלין ז"ל: 'מי לנו גדול מהש"ך ז"ל כמה וכמה דורות כהנים וגאונים ורבנים. ומסופקים על כהונתו כי אין לו בירור'. מובא בספר 'שארית ישראל' - גורזיצ'נסקי, עמוד 238.
מאידך, בשו"ת אבני נזר חלק יורה דעה סימן שיב: ובנ"ד יש עוד טעם יען שחתן הרב הוא כהן מיוחס דור אחר דור רב בן רב גאון בן גאון עד רבינו הגדול הש"ך ז"ל אשר הפוסקים קורין אותו בשם כהן גדול שפתיו ישמרו דעת ותורה יבקשו מפיהו. ראה בפר"ח סי' צ"ח סעיף ב'. ובודאי כהן אמת הוא. ואיתא במס' יומא לא משכחת צורבא מרבנן דמורי אלא דאתי משבט לוי או דאתי משבט יששכר ומסיק אסוקי שמעתתא אליבא דהלכתא קאמרינן. ולאחר שגלו עשרת השבטים רק שבט לוי מסקי שמעתתא אליבא דהילכתא והוי בכלל צדק צדק תרדוף ליקח את זה. וכו'.
וכ"כ בספר 'זוכר הברית' - אונגור תרצ"א, עם הסכמות מגדולי הדור, דף צ"א א', מצ"ב, וז"ל: בזמנינו אין לנו כהנים מיוחסים רק כהני חזקה מ"מ יש משפחות יחוסי כהונה כגון משפחת ראפפורט, כהנא, ונכדי הש"ך, וכדומה ודאי נכון לחזור אחריהם ולפדות אצלם ויכול לסמוך על היעב"ץ הנ"ל וכ"ש אם הוא ת"ח ג"כ. ועיין מהרי"א בפסקים סימן רל"ג דהיכא דמשהה כדי לקיימו מן המובחר שפיר דמי:
אולי אף ר' צדוק הכהן כוונתו היא להיפוך, כי אפי' הש"ך שאין לנו מיוחסי כהונה כמוהו, מ"מ להלכה הוא לא בגדר ודאי גמור, עד עמוד כהן לאורים ולתומים, ואליהו הנביא זל"ט יברר כל היוחסין.
מה שמובא בספר שארית ישראל, זה רק מפי השמועה, ולא שייך לומר שזה לשון ר' צדוק, צריך עיון אם הבין מה שאמר לו, כדבריך הרי להיפך הש"ך הי' ידוע ביחוסו, ויתכן שאמר לו את דברי הש"ך בעצמו מה שכותב בהל' חלה, שאפילו הוא שהי' מיוחס עכ"ז להלכה אינו נפק"מ.
ולזקינו של הש"ך ר' משה הי' כתב יחוס עד אביי דאתי מעלי