יהונתן עץ חיים הוציא שני כרכים של דיונים על סוגיות מוחלפות בבבלי:
1. סוגיות מוחלפות במסכת נזיקין (שלש הבבות), הוצ' מכון הברמן לחקר הספרות, לוד תש"ס
2. סוגיות מוחלפות במסכת סנהדרין-מכות: ובינה ובין שאר התלמוד הבבלי, הוצ' המכון למחקרי ספרות, ירושלים תשע"ט
שניהם אינם באוצר