איש_ספר כתב:ר' יעקב כהנא שפירא היה אכן חתנו של ר' אברהם יגל אלא שהיה זה לזמן קצר בלבד עד שנפרדו זמ"ז. הבן גדל אצל אמו ולכן בתו לא מכבירה במילים על סבה משום שלא הכירה אותו. ר' יעקב היה נוטה למרה שחורה ואת שארית ימיו בילה בבדידות. (כ"ז ידוע מכבר אצל משפחת יגל)
ומבואר בזה למה מרמז הגאון בהקדמתו הקצרה לספרו על יסורים רבים שעברו עליו