שו"ת הרי"ף מופיע בכמה מהדורות, כולן תחת אותו שם, ורצוי לציין על כל אחת את המיוחד בה (חלקן מכילות תשובות שונות לגמרי, מכתבי יד שונים):
הראשון: <מהדורת ליוורנו> זהו דפוס ראשון
השני: <מהד' בילגוריי (או ע"פ המהדיר: בידנוביץ')> אלו תשובות חדשות, שונות מד' ליוורנו
השלישי: <מהד' לייטר> זהה לליוורנו אבל עם הערות ומ"מ חשובים
הרביעי: <מהד' רוטשטיין (או: כתב יד קופנהגן)> תשובות חדשות
החמישי: <מהד' סדילקוב> זהה לליוורנו.
המהדורה הרגילה (ד' ורשה תרמ"ד, זהה לליוורנו וסדילקוב) נמצאת תחת שם אחר "שו"ת רי"ף" (בלי ה"א הידיעה), וקשה למצוא, ולכאורה ראוי לכתוב את השם בה"א ולצרפה לשאר המהדורות.