במשנה שילהי יומא (פה,ב):
דרש ר' אלעזר בן עזריה מכל חטאתיכם לפני ה' תטהרו, עבירות שבין אדם למקום יוה"כ מכפר, עבירות שבין אדם לחבירו אין יוה"כ מכפר עד שירצה את חבירו. אמר רבי עקיבא אשריכם ישראל לפני מי אתם מטהרין מי מטהר אתכם אביכם שבשמים שנאמר וזרקתי עליכם מים טהורים וטהרתם ואומר מקוה ישראל ה'. מה מקוה מטהר את הטמאים אף הקב"ה מטהר את ישראל.
והמהרש"א בח"א שם ביאר באופן מחודש, דבאמת נחלקו ראב"ע ור"ע בפירושא דקרא דידן, דלפי ראב"ע ה"לפני ה'" מוסב על דלעיל מיניה, דהיינו שבא לומר שמכפר רק על חטאים של לפני ה' ולא על חטאים שחטא לפני חבירו. אבל ר"ע דריש דקאי לפני ה' על הסיפא דקרא לפני ה' תטהרו, שאביכם שבשמים הוא מטהר אתכם.
{ונראה להוסיף, דלפי"ז מבואר למה מביא ר"ע ממרחק לחמו דהקב"ה מטהר את ישראל מהני קראי דנביאים וכתובים, והלא זה מקרא מפורש בתורה לפני ה' תטהרו. אולם לפי"ז מובן שאמנם האי קרא יתכן לפרשו באופן אחר וכדברי ראב"ע, והוזקק ר"ע לסמוך את יסודו מקראי אחריני ועל דרך זה מפרש לקרא דידן}.
והנה בשו"ת מנחת יצחק (ח"ז סי' מא בתשובה למהר"י סופר שליט"א מערלוי) שרצה לבאר לפי דברי המהרש"א בדעת ראב"ע את נוסח הפיוטים של סדר עבודת יוה"כ דחוזרים על הוידוי של כהן גדול: וכך היה אומר וגו', ומפסיקים במלת לפני ה' ולא משלימים מלת תטהרו, דהפייטן בשיטת ראב"ע אזיל דאמנם הלפני ה' קאי אדלעיל ולא שייך לתטהרו, יעו"ש, ודפח"ח.
אבל באמת נראה שקוטב הנידון בזה הוא מתי היו העם אומרים בסוף וידויו של הכהן גדול: ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד, דבלשון המשנה מובא כל נוסח הוידוי כולל מילת תטהרו, ומפורש להדיא דהן עונין אחריו בשכמל"ו.
אולם בסדר העבודה איתא, ונראה מקורו בתו"כ כאן, שגם בוידוי היו העם אומרים בשכמל"ו תיכף כשהיו שומעים את השם יוצא מפי כהן גדול. והכה"ג היה מתכוין לגמור את השם כנגד המברכים ואז משלים ואומר להם תטהרו.
ומעתה י"ל, דאנו באמירת הפיוט אין אנו אלא חוזרים על כל הסדר כמות שהיה בעמוד הבית על מכונו, בבחינת 'ונשלמה פרים שפתינו', ואכן כך היה שחלקו הפס' לשנים באמירת בשכמל"ו.